Knowledge As Practice

JAIST(東京)で Transformative Service Research に取り組んでる社会人大学院生の研究・勉強メモ

第1回 Kobe.R annex(犬4匹本 輪読会)開催しました!

2017年9月24日 大阪府立大学・なんばサテライトにて Kobe.R annex 第1回を開催しました。第1部『ベイズ統計モデリング―R,JAGS,Stanによるチュートリアル― 原著第2版』の輪読,第2部 分析ネタなんでもという構成でした。参加者は5名(+会場をご提供いただいた大阪府立大学の先生)。

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予定は第6章〜9章の予定だったのですが,8章までとしました。もちろん全員,犬4匹本を購入済みです。以下,輪読会の簡単メモです。

 

第7章

  • JAGS の情報が載っていてわかりやすいウェブサイトがある。

http://ecological-stats.com/tag/jags/

  • MCMCスライド集

hikaru1122.hatenadiary.jp

  • stan のモデルをコンパイルするとき次のエラーが出たら,Xcode を1度起動して使用許諾に同意する(Xcode のアップデートをした直後に出る恐れ)
追加情報:  警告メッセージ: 
 命令 ''/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R' CMD config CXX 2>/dev/null' の実行は状態 69 を持ちました
追加情報:  警告メッセージ: 
 命令 '/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD SHLIB file8dae4ce1404e.cpp 2> file8dae4ce1404e.cpp.err.txt' の実行は状態 1 を持ちました  

 

疑問点

  • Gelman-Rubin統計量(184頁)はRハットのことだろうか?

→どうやらそのようです。

  • 間引き(thinning)はすべき? すべきでない?

→犬4匹本は基本thinningしない的な立場(191頁)のようだが,thinning したほうがよいという文献もあるらしい。

  • thinning をした場合,サンプリング時間はどう変わるだろうか?

→あるモデルで「iteration 1000,thin 1」「iteration 1000,thin 2」「iteration 2000,thin 2」を stan で実行してみると,90秒・90秒・180秒となった。保存されたオブジェクトのデータは8MB, 4MB, 8MB。thinning の設定でサンプリング時間は変わらないが,保存されるオブジェクトの容量は変わる。

 

第8章

  • runjagsのほうが早くて便利!?

  • 統計学エンドユーザーのための JAGS 入門

hikaru1122.hatenadiary.jp

  • 参加者の方が8章の便利関数をパッケージ化されました!

 

LT枠(分析ネタなんでも)

  • 状態空間モデルについて

  • 共変量バランシング傾向スコアを使った統計的因果推論について

 
以上です。次回もいずれ開催したいと思います。

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