第1回 Kobe.R annex（犬4匹本輪読会）開催しました！

2017年9月24日大阪府立大学・なんばサテライトにて Kobe.R annex 第1回を開催しました。第1部『ベイズ統計モデリング―R,JAGS,Stanによるチュートリアル― 原著第2版』の輪読，第2部分析ネタなんでもという構成でした。参加者は5名（＋会場をご提供いただいた大阪府立大学の先生）。

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予定は第6章〜9章の予定だったのですが，8章までとしました。もちろん全員，犬4匹本を購入済みです。以下，輪読会の簡単メモです。

第7章

JAGS の情報が載っていてわかりやすいウェブサイトがある。

http://ecological-stats.com/tag/jags/

MCMCスライド集

hikaru1122.hatenadiary.jp

stan のモデルをコンパイルするとき次のエラーが出たら，Xcode を1度起動して使用許諾に同意する（Xcode のアップデートをした直後に出る恐れ）

追加情報:  警告メッセージ: 
 命令 ''/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R' CMD config CXX 2>/dev/null' の実行は状態 69 を持ちました

追加情報:  警告メッセージ: 
 命令 '/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD SHLIB file8dae4ce1404e.cpp 2> file8dae4ce1404e.cpp.err.txt' の実行は状態 1 を持ちました

疑問点

Gelman-Rubin統計量（184頁）はRハットのことだろうか？

→どうやらそのようです。

間引き（thinning）はすべき？　すべきでない？

→犬4匹本は基本thinningしない的な立場（191頁）のようだが，thinning したほうがよいという文献もあるらしい。

thinning をした場合，サンプリング時間はどう変わるだろうか？

→あるモデルで「iteration 1000，thin 1」「iteration 1000，thin 2」「iteration 2000，thin 2」を stan で実行してみると，90秒・90秒・180秒となった。保存されたオブジェクトのデータは8MB, 4MB, 8MB。thinning の設定でサンプリング時間は変わらないが，保存されるオブジェクトの容量は変わる。

第8章

runjagsのほうが早くて便利！？
統計学エンドユーザーのための JAGS 入門

hikaru1122.hatenadiary.jp

参加者の方が8章の便利関数をパッケージ化されました！

参加させていただき、ありがとうございました。

8章の便利コマンドですが、パッケージとしてgithubに上げました。
devtools::install_github("kyusque/DBDA2E-utilities", args = "--no-multiarch")
— ヨゼ (@kyusque) 2017年9月24日